一、改革和发展存在的问题
（一）产权关系仍需进一步明晰
多年以来，农村信用社产权不明晰，法人治理结构不完善，管理责任不落实，成为制约农村信用社发展的一个核心问题。以法人为单位改革农村信用社产权制度，关键就是要农村信用社作为一个市场主体，实现“谁出资、谁管理、出了问题谁负责”这一目标。这就要求股东在依照法律规定的范围内以自己的出资额来清偿债务，股东享有所出资产的收益权，企业由出资人或其雇用的经理人员来经营。按照市场经济理论，产生这种效应的前提是生产要素的市场化流动、组合，而非政府行政主导。农村信用社由于历史原因，使其自建社以来的所有改革均是政府行政主导的结果，社员投入资本的增多并不意味真正获得更多的表决权和管理权，使社员没有增加股本金份额的动力。目前，股本金补充仍处于被动引导而非主动增资的局面，导致农村信用社股本金经过多次的清产核资和改革规范都难以达到真正意义上的股权意义，这种非真正意义上的.“股权”成为制约农村信用社改革发展的关键问题。
（二）法人治理结构不完善
农村信用社在由合作社转向现代金融企业制度过程中，现有的法人治理结构不符合或不完全符合现代企业制度的要求，还没有建立起决策、执行、监督之间的相互制衡机制，激励和约束也没有得到很好的匹配。具体表现为：决策机构、执行机构、监督机构各自的职责分工尚未明确，现有的许多规定在实际操作中难以执行，决策权、执行权、监督权在实际工作中没有得到有效分离，股东会和理事会很难对信用社法人代表实施有效的监督和制约，“一长独大”的现象仍然严重。
（三）经营机制僵化和内控乏力
由于长期受“官办”思想和国有商业银行管理模式的影响，农村信用社在管理上形成了“铁工资”、“铁饭碗”、“铁交椅”的痼疾，难以实行有效的正向激励制度，相当一部分农村信用社处于粗放经营状态，员工素质普遍偏低，与其他银行业金融机构相比存在着较大的差距，在同业竞争中处于劣势。在内控管理上存在着制度不健全、制度执行力差、风险控制力弱等问题。
（四）历史包袱沉重，资产质量差，经营困难，潜在金融风险仍然很大
为了明晰产权关系，真正转换农村信用社的经营机制，国家对试点地区的农村信用社不仅发行了专项央行票据，置换了部分不良资产，弥补或部分弥补了历年亏损挂账，减免了税收，达到“花钱买机制”的目的。应该说，这些扶持政策的贯彻落实，对于化解农村信用社的历史包袱，改善资产质量，提高盈利能力发挥了巨大的促进作用。但是，我们必须清醒地认识到，农村信用社一些深层次矛盾和问题并未得到根本解决，风险状况也没有得到根本改善，今后改革发展的问题仍然不少。这主要表现在：农村信用社票据兑付条件“门槛”较高，“出门”困难，即使票据兑付后历史包袱仍然较重，不良贷款总量仍然很大，而且还有许多潜在不良资产没有反映出来；人均利润、资产利润率等指标较小而亏损面、亏损额仍然较大；拨备严重不足，抗风险能力尚未得到明显增强；农村信用社股金虽然增加很多，但是不少股金在本质上仍然是存款化股金，基础很不稳固；农村信用社在提足各项风险拨备后实际资本充足率仍然很低；内控制度很不健全，案件时常发生，潜在风险不容乐观。
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