他博学善撰，尤长文史。唐玄宗天宝末年中进士，遇“安史之乱”发生，他避乱入终南山。肃宗朝他初仕为华原县尉。当初他曾几次跟随杨绾求学。时杨绾在朝任礼部侍郎兼修国史，即推荐他充任修史之职，被擢为右拾遗，累迁为起居舍人。代宗大历年间，他任刑部员外郎，迁司封郎中，知制诰，仍兼史馆修撰。德宗时被贬为衡州别驾，后迁为衡州刺史。
贞元三年（787）李泌为宰相，将他召入朝授太子左庶子，复任史馆修撰。五年初，窦参任宰相，以他从前在衡州时有冒功之过，将他贬为吉州别驾，后迁为刺史，最后贬为衢州别驾。他在此住了10年，于艰辛之中坚持写完《代宗实录》。
令狐峘知识渊博，性格孤傲，不善攀结权贵，因而多次受贬。805年，顺宗即帝位，召他回朝任秘书少监，卒于北返途中。元和年问，其子令狐丕将《代宗实录》交予朝廷，朝廷以撰写之劳追赠他工部尚书衔。
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